对於接下来的日子，真嗣一直以来都非常难熬，作为一度让初号机觉醒的扳机，即使是上海支部的人也不敢让他随便乱跑，所以就用几乎是软禁的方式将他关在了破军号的某个特制的船舱里，由NERV本部的人员对他进行看管。
真嗣的痛苦就来源於日本本部的人员对他进行的看管，这些人毫无疑问地在排挤、冷暴力他，但当真嗣询问到底发生了什麽之後，除了时间莫名其妙地经过了五年以外，没有得到任何有效的回答。
愿意回答他的人不被允许接触他，允许接触他的人又都讨厌他，真嗣进入了一种两难的境地。
如果是原时空或者是旧轮回的真嗣的话，毫无疑问会在这种时候进入极端自闭，但现在的真嗣在作为一个兄长，担负起家庭责任和绫波丽生活了许久之後，早就变得足够坚强了。
虽然这种状态依然让他感到很痛苦，但他却并没有气，而是竭尽全力地从周围人的只言片语中尝试拼奏出足够完整的信息。
经历过一阵子的努力之後，真嗣基本上已经确定了一些事，那就是他现在所在的这艘船，实际上是属於NERV上海支部的财产，美里等人实际上是在一种寄人篱下的状态。
至於为什麽会寄人篱下.：.真嗣似乎也搞清楚了，因为自己当初在拯救绫波的过程中，似乎引发了什麽不得了的事情，导致全世界大部分地区都被毁灭了。
这可真是个残酷无比的结论，真嗣的脸色煞白，他不明白自己为什麽能做到「毁灭世界」这种事情，但似乎因为这个理由而排挤、给他戴上奇怪的项圈，
似乎也没有那麽过分。
真嗣的心中升起了一股强烈的自我厌恶感，他觉得自己是不是现在就激活脖子上的炸弹炸死自己，对这个世界来说还更好一点？
但经过一番绝望的思索之後，真嗣又放弃了这种懦弱的想法，因为他知道还有人在等着自己去拯救，自己的妹妹绫波一定还活着，赤木律子那个女人肯定在说谎，绫波应该仍然存在於初号机的核心之中。
看着这位少年重新振作起来，加持良治暗暗地松了一口气，此时他正蹲在破军号的某个机房里，「借用」了一下真嗣房间的监视器线路来确认情况。
实际上真嗣这几天以来的「收集信息」和「推理」，都是他在暗中安排的桥段，NERV的残余人员中不乏仍然对真嗣持有同情心的人存在，认为这样一位少年就算不是完全无辜，也大概率是被他那个父亲给利用了，不应该受此对待。
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