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英宗病重，门达蓄意勾结王纶，欲除掉李贤。他们的阴谋被朝臣揭发，宪宗大怒，结果王纶被斩，钱溥被贬，门达因他罪并发，“论斩系狱，没其资巨万”。而与此同时，李贤则进少保、华盖殿大学士，知经筵事。宪宗十分倚重李贤，李贤也“以受知人主，所言无不尽”。
实际上，这次整顿，是牛玉、李贤等当权派对急于秉政的王纶、钱溥的打压。王纶窥伺司礼监，直接触犯了牛玉的利益，这是英宗晚年最信任的宦官。钱溥想挤压李贤，却没有与当时在内阁，威望仅次于李贤的陈文合作，陈文也不想钱溥与王纶成功后，反压自己一头，所以纵然他与李贤有矛盾，却反而与李贤站在同一阵线。
王纶与钱溥忽略了成化帝的存在，在英宗入殓这天，王纶在素衣外面套了一件貂裘，使成化帝颇为不满，所以，成化帝借机将王纶、钱溥下狱，追究同党。钱溥、王纶内外官交通，按律当斩，但大赦令刚发，便从轻处置，二人均遭降职处理，钱溥的被贬颇受人同情，时人评价“为权贵所挤，而有顺德之行”。
而此次事件的另外一个人物门达，因为结交王纶，也被发配充军。门达作为一个酷吏，只知道个人奋斗，没考虑到历史进程，统治者需要酷吏维护统治，清除腐败，又不能让他们搞的太过分。成化帝新君登基，需要给人民恩惠，作为前朝的鹰犬，作用已失，自当铲除。
门达的被贬使人拍手称快，成化帝还召回老成持重的袁彬来主持锦衣卫事务。门达的事件表明：新君是要革除前朝弊政的，既然受英宗宠信的门达被处置了，那么含冤屈死的大臣是否该得到平反？
这时候，监察御史白侃给新君上书，要求为英宗朝因弹劾曹吉祥、石亨而受迫害的御史张鹏、杨暄、耿九畴等人平反，成化帝欣然应允。这封奏疏，也拉开了平反冤狱的缺口。
成化元年，御史赵敔上疏，请求为于谦平反，见深读罢，颇有感触，直言：“盖谦确有安社稷之功，而滥受无辜之惨，比之同时骈首就戮者，其冤尤甚。所司其悉如御史言，亟行之。”
于谦在世之时，尽管与孙太后有嫌隙，但在听闻于谦被杀，孙太后也是十分叹息。即便是英宗本人，也有点追悔莫及。成化帝还在幼年之时，怕已经对于谦有仰慕之意。成化二年，当于谦之子于冕请与祭祀时，成化帝十分重视，特命翰林院撰写祭文：
“
卿以俊伟之器，经济之材，历事先朝，茂著劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞，惟公道之独恃，为权奸所
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