命令颁布之后，唐朝旧臣大多心向李唐，不肯屈身投靠，纷纷躲起来不肯露面，有的逃回故乡，有的则乔装打扮，偷偷赶往四川投奔僖宗，长安城中一时人心惶惶，旧官人人自危。
金吾卫大将军张直方虽然当日出城跪迎，表面归顺大齐，心里却依旧忠于唐朝，不肯真心归附。他暗中将数十名唐朝公卿大臣以及皇室子弟，悄悄藏在自己府邸高墙之内的夹壁密室之中，关紧大门，断绝内外往来，秘密谋划，只等四方藩镇救兵赶来，便里应外合，复兴唐朝。他还再三严令府中下人，此事事关重大，若走漏半点风声，满门抄斩，下人无不心惊胆战，不敢多言。
谁知没过十天，大齐密探便已查到实情，快马加鞭进宫禀报。黄巢听说之后，当即拍案大怒，双目圆睁，厉声怒斥：
“我入城那日，对你封官许愿，待你不薄，你竟敢心怀二心，私藏李唐叛党，暗中图谋害我，实在是欺人太甚，留你不得！”
当即下旨，命孟楷率领三千精兵，火速包围张直方府邸，破门而入，将府中藏匿的皇室子弟、公卿朝臣一百多人，尽数抓捕，一一点名之后，全部押往西市刑场斩首。一时间，鲜血染红御街，尸体堆积遍地，长安百姓远远望见，无不心惊胆战，街巷之中再也没人敢私下议论唐朝，人人噤若寒蝉，生怕祸从天降。
黄巢杀了张直方及所藏朝臣，依旧怒气难消，又下死命令：
搜捕长安城内所有唐朝皇室，无论男女老少，一律处死，一个不留！
士兵得令，四处搜查，挨家挨户排查，凡是李唐子孙，不管是亲王郡王，还是县主王孙，不管是白发老翁，还是襁褓婴儿，抓住就杀。有的被当场斩杀，有的被扔进水沟淹死，有的被关在屋内活活烧死，无一幸免。黄巢又命人取出殿中省、宗正寺所存皇室名册，按册一一捕杀，不漏一人。一夜之间，长安城内李唐宗室几乎被杀绝，血流成河，尸横街巷，就连尚在襁褓之中的婴孩，也没能逃过一死，昔日尊贵无比的天潢贵胄，落得如此下场，令人唏嘘。
杀尽宗室之后，黄巢仍不解气，又下令：
挖开唐朝历代皇陵，盗取里面金银财宝，充作军资！
士兵手持斧头凿子，一拥冲进渭水北岸诸陵，将唐高祖、唐太宗、唐高宗、武则天以下历代帝后陵墓，尽数挖开，劈开棺椁，丢弃尸骨，把墓中金银珠宝、锦绣器物、奇珍异宝洗劫一空。棺中尸骨被随意扔在荒野，任凭风吹日晒、鸟兽啄食，关中父老远远望见，无不流泪悲叹，都道唐朝宗庙覆灭，
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